Du könntest mal probieren, ob sich mit dem Treiber aus dem Paket r8168-dkms etwas ändert.
Für das acpi-Wakeup kannst du auch mal schauen, ob die Boot-Option hpet=disable etwas bringt (in der Datei /etc/default/grub an die Zeile beginnend mit "GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT=" innerhalb der Anführungszeichen anhängen und dann einmal "sudo update-grub" ausführen).