Hierbei handelt es sich unter Garantie um ein mplayer Problem nicht um ein Problem des play plugin's.
Wenn du sagst das die Datei auf deinem PC korrekt abgespielt wird gibst du leider nicht an mit welchem Programm du die Datei abspielst.
Du solltest erst einmal testen was passiere wenn du die Datei einfach so mit dem mplayer abspielst.
Aber ich habe schon eine Vermutung. Avidemux speichert im mkv Container nicht immer die korrekten meta informationen. Mplayer verlässt sich auf die angaben in den meta Infos und spielt die Datei dann mit der falschen FPS rate ab. Andere Player gehen bei der Bestimmung der FPS durchaus anders vor, weshalb diese Problem auf deinem PC durchaus nicht auftreten muss.