Moin,
ich hatte bei einem Board (XFX Intel mit GeForce 9300 onboard Product Code: MI-9300-7AS9) das Problem, dass es partout nicht per WOL zu wecken war.
Ich habe alles ausprobiert, was man sich so vorstellen kann (BIOS - Update, endlos mit ethtools getestet, VDR Wiki rauf und runter...), aber es half nichts.
Bei anderen, die das Board hatten, klappte es auch mit einem älteren BIOS und der Support von XFX kannte das Problem auch nicht.
Zufällig habe ich dann vor Kurzem diesen VDR zu einem Dualbootsystem mit Windows 7 umgestellt (steht jetzt im Arbeitszimmer als Test-VDR und wird auch von meinem Nachwuchs für kleine Spielchen genutzt).
Und siehe da; nachdem ich einmal Windows herauf- und heruntergefahren hatte funktionierte auf einmal WOL.
Und das nun auch, wenn ich aus dem VDR-Mode herunterfahre. 
Ist zwar nicht so ganz nachzuvollziehen, aber Computer sind eben auch nur Menschen...
Ist als Tipp für andere Verzweifelte villeicht ein kleiner Strohhalm.
Regards
Globber