Ich hatte das gleiche Problem. Bei mir hat es geholfen die aktuelle Version aus dem ppa des stable-vdr als plugin über das Webfrondend zu installieren.
Ich habe übers Webinterface yaVDR Configuration/Pakete den Skin "vdr-skin-anthra-1920-fst" in der Version "20130420-0yavdr0~precise" installiert. Nun sind die Logos wieder in der üblichen Größe.