SurfaceCleanerZ hat mich darauf hingewiesen, dass es mit dem 2.6.28'er Kernel ein Problem mit gemischten IDE/SATA-Systemen geben könnten. Im neuen Kernel werden IDE-Platten statt als hdx jetzt auch als sdx gemappt. Damit ändert sich gewissermaßen auch die Reihenfolge der Platten. Ggf. muss dann /boot/menu.lst entsprechend angepasst werden.
Ich hab's selber noch nicht getestet, da ich hier nur SATA-Platten im Einsatz habe. Wer aber über dieses Problem stolpert oder eine Patentlösung parat hat, kann sich ja hier mal kurz zu Wort melden.
Vielleicht sollte man, sofern möglich, ganz generell auf UUID's oder Labels ausweichen um solchen Problemen aus dem Weg zu gehen.