Hallo Mike,
ich hatte ein ähnliches Problem mit dem Extension Board. IR Empfang ging wunderbar, Befehle zum Board schicken war aber nicht möglich, auch kein Firmware-Upload.
Die Lösung war im Nachhinein simpel: Die PIN-Belegung meiner on-board COM-Schnittstelle bzw. des Sub-D-9-Fachbankkabels passte nicht zu CON5 auf dem Board sondern zu CON18. Also Schnittstelle mit CON18 verbunden und CON19 mit CON5 und schon lief alles.
Vielleicht löst das ja auch dein Problem?
Grüße,
Fabian