Also bei mir hab ich die HDs an die Onboard SATA Schnittstellen gesteckt (ich hab zwar noch den direkten vorgänger vom P35-DS3), aber selbst wenn du das nicht tun willst, hättest du ja noch einen PCI Express Slot für nen zusätzlichen Controller, was allerdings unnötig ist.
Ethernet usw. geht ja bei den neuen Board nciht mehr über den "alten" parallelen PCI Bus, sondern über PCI Express.