Edit: die weiter unten beschrieben Lösung ist besser (änderung an runvdr und einträge in /etc/modprobe.d/blacklist und /etc/modules)
Mit ctvdr5 hatte ich das im 1. Post beschrieben Problem wieder und nach langem basteln ist für meinen Fall (Nexus und Nova karte mit Remote Plugin) folgende Lösung bis jetzt die zuverlässigste:
Ich habe sowohl in /etc/init.d/vdr wie auch in /usr/sbin/runvdr modprobe Einträge zum entladen und laden der treiber eingefügt und die ursprüngliche logik deaktiviert. Die angehängten scripts funtionieren so wie sie sind einwandfrei, allerdings eben nur mit den erwähnten Karten. Wenn andere Karten mit im System sind muss man die Einträge anpassen.