Wie ich schon erwartet habe tritt das Problem hier nicht auf.
Aber evtl. kannst du mal in der Konfig schauen. Setze mal die Audio Puffer size auf 0 und das Audio/Video Delay auch mal auf 0.
Tritt dann das Problem noch auf ? Und tritt es auch beim abspielen einer Aufnahme auf ?
Hast du da ein TV mit 50Hz dran ?
Welche ffmpeg Version nutzt du. Das Audio ist da ja AAC und evtl. kommt da der decoder nicht mit. Da war doch vor kurzem etwas mit AAC und ffmpeg.