Ich sehe, dass Du in ProcessBuffer die Auskommentierung des SetCurrentPCR wieder rausgenommen hast. Was soll das bringen? Ohne FastSwitch erfolgt der Aufruf bereits in AudioEnque und mit FastSwitch wird ohnehin unmittelbar darauf über ProcessClockBuffer eine andere PTS gesetzt.
Mein subjektiver Eindruck ist, dass zumindest bei aktiviertem FastSwitch das Umschalten nun wieder einen Tick langsamer geworden ist.