Kurze Rückmeldung:
Nach einem manuellen Update auf Kernel 4.9.0-0.bpo.2-amd64 funktioniert der DVB-S2-Empfänger sowie der Shutdown noch immer einwandfrei.
Was nicht mehr funktioniert ist die Installation diverser openmediavault-Erweiterungen, da diese immer die Header vom 4.9.0-0.bpo.1-amd64 installieren wollen, was dann natürlich nicht zum laufenden Kernel passt. Wenn ich die Erweiterungen mit dem 4.8er Kernel installiere, stehen sie mir danach allerdings auch unter dem 4.9.0-0.bpo.2-amd64 zur Verfügung.
Aber das ist ein anderes Problem und passt hier wohl nicht ganz ...